1930年8月，任中国工农红军第一方面军前委书记兼总政治委员。1931年任中共中央苏区中央局委员，代理书记，中央革命军事委员会副主席兼总政治部主任。同年11月，中华苏维埃共和国临时中央政府在江西瑞金成立，被选为主席。从1930年12月到1933年2月，同朱德领导红一方面军先后粉碎了国民党的四次大规模的军事“围剿”。1933年被补选为中共中央政治局委员。以王明为代表的“左”倾冒险主义反对毛泽东关于中国革命和中国革命战争的指导方针，在他们进入中央革命根据地以后，就把毛泽东排斥于党和红军的领导之外，执行不同的战略和政策，从而导致第五次反“围剿”的失败。

1934年10月，中共中央和红一方面军不得不退出苏区，开始长征。1935年1月，长征途中，在贵州遵义召开中共中央政治局扩大会议（见遵义会议），确立了毛泽东的领导地位，结束了王明“左”倾路线的统治。随后又粉碎了张国焘的右倾分裂主义，胜利完成长征。红一、二、四方面军三大主力红军在陕北会师，开创了抗日救亡的新局面。1935年12月，针对日本帝国主义加紧侵华造成的危机，毛泽东在瓦窑堡会议后作《论反对日本帝国主义策略》的报告，阐明建立抗日民族统一战线的理论和政策。

1936年任中央军事委员会主席，担任这一职务直至逝世。为了迎接抗日战争，提高干部水平，克服教条主义，1937年写了《实践论》、《矛盾论》哲学著作，丰富和发展了马克思主义的认识论和辩证法。

指导开展敌后游击战争，建立抗日根据地1937年7月，抗日战争全面爆发后，毛泽东领导人民开展敌后游击战争，建立抗日根据地。写了《抗日游击战争的战略问题》、《论持久战》等著作，批判了亡国论、速胜论的错误思想，指明了争取抗日战争胜利的途径。1938年11月，为了克服王明的右倾投降主义的错误，在中共六届六中全会上发表《统一战线中的独立自主问题》的讲话。

1942年号召全党开展整风运动，使中共在思想上、政治上、组织上达到高度的统一，为战胜困难和取得抗日战争的胜利奠定了基础。1943年3月，当选为中共中央政治局主席、中央书记处主席，以后在历届中央委员会都连续当选为主席直到逝世。抗日战争时期，先后发表了《中国革命和中国共产党》、《新民主主义论》、《论联合政府》等重要著作，阐明了中国新民主主义革命的理论、政策和政治、经济、文化纲领，标志着毛泽东思想的成熟。